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七問AlphaFold2:一場AI引發(fā)的“結(jié)構(gòu)生物學(xué)”大討論

本文作者: 李雨晨 2020-12-07 20:10
導(dǎo)語:作為DeepMind的核心“王牌”,Alpha系列絕不僅是挑戰(zhàn)圍棋和游戲而生。

作為DeepMind的核心“王牌”,Alpha系列絕不僅是挑戰(zhàn)圍棋和游戲而生。

盡管AlphaGo曾在國際象棋、圍棋等項目中取得了超越人類的表現(xiàn),其研究不僅震驚世界,也兩次登上 Nature。

但是,正如DeepMind首席執(zhí)行官Hassabis所言:

“我們的目標(biāo)從來就不只是贏得圍棋,而是開發(fā)能夠解決蛋白質(zhì)折疊這類問題的算法。對于我們來說,這真的是一個關(guān)鍵時刻。這個項目就像燈塔,這是我們關(guān)于人和資源的首次重大投資,用于解決一個根本性的、現(xiàn)實世界的重要問題。

AlphaFold就是在這樣的背景下誕生,而且從第一天起,就立志挑戰(zhàn)生物學(xué)里的最難問題——蛋白質(zhì)折疊。

經(jīng)過整整兩年的,Hassabis這番豪言,如今終于應(yīng)驗。

然而,“將會改變一切”的AlphaFold2,現(xiàn)階段畢竟還是一項“競賽成果”,而AI的本質(zhì)還是要落到更為具體的細(xì)分行業(yè)中,要面臨諸多的學(xué)科研究和產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化問題。

在這個過程中,AlphaFold2還有哪些值得我們進(jìn)一步思考的地方?生物結(jié)構(gòu)學(xué)有沒有可能分化出新的細(xì)分領(lǐng)域?

因此,我們?yōu)锳lphaFold2準(zhǔn)備了產(chǎn)學(xué)兩界最為關(guān)注的七大疑問,看完這七大疑問和20多個子問題,你將會認(rèn)識到一個全新的AlphaFold2和充滿探索前景的生命學(xué)科。

CASP競賽上的細(xì)節(jié)

1、CASP競賽的目的、歷史

2、AlphaFold2的“勝利”具體體現(xiàn)在哪些項目上?

3、除了AlphaFold2之外,這次CASP競賽還有哪些亮點?

蛋白質(zhì)折疊預(yù)測——一場群體智慧的綻放

1、蛋白折疊預(yù)測的主要意義和應(yīng)用是什么?主要難點是什么?

2、AlphaFold2主要在哪些技術(shù)問題上取得了突破?在哪些主要問題上還沒有?是否能區(qū)分alternative confirmation,能否區(qū)分monomer、dimer等?

3、AlphaFold2的“勝利”不是天上掉下來的,它在算法、數(shù)據(jù)上都借鑒了此前的哪些主要結(jié)果和方法?華人科學(xué)家在中間都有哪些主要貢獻(xiàn)?

AlphaFold2對結(jié)構(gòu)生物學(xué)將會產(chǎn)生哪些影響?

1、結(jié)構(gòu)生物學(xué)的哪些方向能受益而加速突破?哪些方向會收影響而淡出?

2、結(jié)構(gòu)生物學(xué)的研究能夠怎樣幫助AlphaFold2進(jìn)一步改進(jìn)?

AlphaFold2還會有哪些擴(kuò)展應(yīng)用?

1、AlphaFold2能否擴(kuò)展到分子動力學(xué)MDS領(lǐng)域?

2、能否應(yīng)用于蛋白-配體相互作用/對接, 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用?

3、能否應(yīng)用于蛋白質(zhì)設(shè)計?

AlphaFold2的商業(yè)想象力

1、這個突破對實際應(yīng)用尤其是藥物開發(fā)的影響、意義是什么?短期能見效嗎?藥廠是不是會開始組建這方面的AI團(tuán)隊?

2、除了藥物研發(fā),AlphaFold2還可能在哪些方面有應(yīng)用?

3、這個突破可能帶來哪些新的商業(yè)和創(chuàng)業(yè)機(jī)會?有沒有可能分化出新的細(xì)分領(lǐng)域?

AlphaFold2的局限性

1、AlphaFold2算法的成功主要得益于機(jī)器學(xué)習(xí),深度學(xué)習(xí)中的哪些重要技術(shù)和突破(例如注意力機(jī)制)?如果僅靠增加算力能否進(jìn)一步突破?

2、AlphaFold2算法當(dāng)前的局限性在哪里?可能有哪些改進(jìn)空間?

學(xué)術(shù)研究的未來

1、 如果AlphaFold 不開源,學(xué)術(shù)界有沒有成立開源組織的計劃?

2、工業(yè)界一些大公司在算法和算力方面都占有絕對優(yōu)勢,那么學(xué)術(shù)研究前進(jìn)的方向在哪里?對于高校中的AI研究人員有什么建議?對于生物研究人員有什么建議?

3、工業(yè)界一些大公司在算法和算力方面都占有絕對優(yōu)勢,對整個學(xué)術(shù)界的影響會是什么?如何“擺正”學(xué)術(shù)界和工業(yè)界的關(guān)系?

12月8日上午9:30-11:00,由圖像計算與數(shù)字醫(yī)學(xué)國際研討會(ISICDM)主辦,雷鋒網(wǎng)、醫(yī)療AI掘金志協(xié)辦的《ISICDM-AI+蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測》主題論壇,將正式在線上開啟。

講座信息

主題:權(quán)威專家談AlphaFold:DeepMind 到底突破了什么?

時間:12月8日,上午9:30-11:00

主辦單位:圖像計算與數(shù)字醫(yī)學(xué)國際研討會(ISICDM)

協(xié)辦單位:雷鋒網(wǎng)、醫(yī)健AI掘金志

觀看方式&加入專家群

關(guān)注《醫(yī)健AI掘金志》,回復(fù)關(guān)鍵詞“蛋白質(zhì)”,即可加入微信群,觀看此次線上論壇,同時實時交流與提問。

(業(yè)內(nèi)首批AI+蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測【資深研究者討論群】)雷鋒網(wǎng)

七問AlphaFold2:一場AI引發(fā)的“結(jié)構(gòu)生物學(xué)”大討論

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