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中國(guó)生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

本文作者: 任平 2023-03-13 14:18
導(dǎo)語:幸有艱難能煉骨,依然白發(fā)老書生。

情不知所起,一往而深。孫之榮對(duì)清華生物系有著非同一般的感情。

1984年,孫之榮從清華自動(dòng)系轉(zhuǎn)入生物系,成為清華生物系的第一批復(fù)建教員。轉(zhuǎn)眼之間,孫之榮從意氣風(fēng)發(fā)的青年變成頭發(fā)花白的老者。

每當(dāng)靜下來的時(shí)候,他常?;貞浧鹉悄甓熘簧砬巴锵档膱?chǎng)景。

清華大學(xué)的生物系始創(chuàng)于1926年,是我國(guó)歷史上最早的生物系之一,在二十世紀(jì)三、四十年代曾經(jīng)相當(dāng)輝煌,僅中國(guó)科學(xué)院學(xué)部委員中就有三十多人曾在這里學(xué)習(xí)或工作過,其中包括錢崇澍、陳楨、李繼侗、戴芳瀾、湯佩松、吳征鎰等。

然而流于炮火,清華生物系不斷南遷,直到1945年后才重回北京。本以為這是一場(chǎng)久違的復(fù)建工作,1952年,一場(chǎng)全國(guó)院系調(diào)整,清華生物系所有教師、設(shè)備、以及圖書資料和生物標(biāo)本,盡數(shù)調(diào)至中科院、北大及其他兄弟院校,清華生物系又進(jìn)入了長(zhǎng)達(dá)32年的空白期。

光陰無情,至復(fù)系草創(chuàng)階段,諾大的清華園幾乎找不到一個(gè)生物專業(yè)的科班教師,僅剩西門旁一棟老生物學(xué)館。孫之榮那年37歲,嘆言:“一切都是白手起家、從頭開始。”

中國(guó)生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

時(shí)至今日,孫之榮仍自評(píng)“這一步子邁得極大”。如果當(dāng)時(shí)沒有下定決心轉(zhuǎn)型,或許他一生順?biāo)?,在自?dòng)化領(lǐng)域成績(jī)斐然。然而命運(yùn)卻將他推向了另一條路,他便闖出了一條有數(shù)理及工程特色的生物學(xué)研究道路,與國(guó)際最前沿的生物信息學(xué)接軌,半生奔走于中國(guó)生信會(huì)議的組織宣傳與學(xué)科發(fā)展。

一個(gè)人,一輩子,一條路,當(dāng)如此。

奔赴清華、留校任教、投身系統(tǒng)工程

1965年赴清華大學(xué)讀書后,孫之榮就很少再回家鄉(xiāng)。

“父母都不在了?!睂O之榮擺擺手,很小聲地說完后面幾個(gè)字,“忙,回不去了。”

孫之榮的老家在江蘇泰州,自古有“水陸要津,咽喉據(jù)郡”之稱。孫之榮形容“船多,到哪都是坐船”。1965年8月,他便是在那里收到了清華大學(xué)錄取通知書。

那時(shí)去北京并不容易,需先乘船到南京,再擺渡到南京浦口,最后再轉(zhuǎn)火車北上。一趟折騰下來,也要三天才能抵達(dá)。從未出過遠(yuǎn)門的孫之榮,誤選了一趟慢車,從早上晃到晚上還沒駛出江蘇。眼看報(bào)到時(shí)間逼近,他又趕緊在徐州跳上了一列特快,終于在最后一刻趕到了北京。

大學(xué)是什么樣子?

孫之榮記得,時(shí)任高等教育部部長(zhǎng)兼清華大學(xué)校長(zhǎng)的蔣南翔有一句重要口號(hào):清華是培養(yǎng)紅色工程師的搖籃,學(xué)生要為國(guó)家建設(shè)服務(wù)。孫之榮所在的自動(dòng)化系,就曾到北京鋼鐵廠、煉油廠、江蘇望亭電廠參加勞動(dòng)實(shí)踐。

而這段經(jīng)歷也讓奉獻(xiàn)祖國(guó)的想法在孫之榮心里扎下根。畢業(yè)時(shí),絕大多數(shù)學(xué)生填寫的分配志愿都是西部、基層,孫之榮也提出愿去四川航天部的研究所、及甘肅玉門油田參加國(guó)家建設(shè)。

令孫之榮沒想到的是,等到他1970年畢業(yè),中止了4年(1966-1969)的大學(xué)招生工作恢復(fù),隨著第一批工農(nóng)兵學(xué)員進(jìn)校,孫之榮等人被分配為留校任教。

“大好年華,年輕人都想去祖國(guó)偏遠(yuǎn)地區(qū)闖一闖。轉(zhuǎn)念一想,留校也大有施展空間?!?/p>

七十年代,我國(guó)外交取得重要突破,順勢(shì)制定了“四三方案”,投資約200億元人民幣,建設(shè)了26個(gè)大型工業(yè)項(xiàng)目,包含化肥、化工、鋼鐵、石油等,而孫之榮所授的“過程控制”,就與這些項(xiàng)目息息相關(guān)。

打個(gè)比方,火力發(fā)電站需要用水蒸氣推動(dòng)汽輪機(jī),汽輪機(jī)帶動(dòng)發(fā)電機(jī)轉(zhuǎn)動(dòng)發(fā)電,其中的關(guān)鍵是精準(zhǔn)控制水和蒸氣的界面,既不能水蒸氣過多,導(dǎo)致鍋爐燒干了,也不能全是水,導(dǎo)致動(dòng)力不足,所以很多過程離不開控制,因此得名“過程控制”。

為適應(yīng)國(guó)家工業(yè)建設(shè)和國(guó)防建設(shè)的需要,清華在70年代對(duì)自動(dòng)化系進(jìn)行了重新規(guī)劃:以控制論為基礎(chǔ),培養(yǎng)能設(shè)計(jì)、運(yùn)行自動(dòng)控制系統(tǒng)的專門技術(shù)人才。此外,為培養(yǎng)適合中國(guó)工業(yè)化發(fā)展的高層次人才,試點(diǎn)“清華研究生班”的兩個(gè)試點(diǎn),其一就有自動(dòng)化系。據(jù)孫之榮回憶,自動(dòng)化系有很雄厚的師資,常迵、方崇智、鄭維敏、童詩白、吳澄、李衍達(dá)等教授,都是其中的杰出代表。

中國(guó)生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

常迵、方崇智、鄭維敏、吳澄、李衍達(dá)

孫之榮二十歲出頭,肩上的擔(dān)子不輕,先后帶領(lǐng)1970-1974年、1974-1978年兩屆工農(nóng)兵學(xué)員,待1978年恢復(fù)全國(guó)性高考,他又投入到了更廣泛的教學(xué)工作中。1979年,我國(guó)建成兩彈一星、三線工程、潛艇飛機(jī)以及相應(yīng)的工業(yè)體系后,清華自動(dòng)化系因時(shí)制宜做出調(diào)整——將計(jì)算機(jī)系的部分教師納入學(xué)科隊(duì)伍。與此同時(shí),已過而立之年的孫之榮也發(fā)生了重要轉(zhuǎn)變,轉(zhuǎn)向應(yīng)用空間更大的系統(tǒng)工程。

實(shí)際上,孫之榮的這一決定已醞釀許久。

1978年9月27日,錢學(xué)森的一篇理論文章——《組織管理的技術(shù):系統(tǒng)工程》引起巨大反響,由此創(chuàng)立系統(tǒng)工程中國(guó)學(xué)派。孫之榮對(duì)這篇文章深有感觸,“很多生產(chǎn)過程控制大多在工廠開工之前就設(shè)計(jì)好了,但系統(tǒng)化的工程設(shè)計(jì)剛剛開始,它包羅萬象?!?/p>

孫之榮印象最深的一回是在1981年。那年他在國(guó)家外貿(mào)禮堂召開系統(tǒng)工程的普及講座,報(bào)告題目取為《系統(tǒng)工程與存儲(chǔ)管理》。一小時(shí)的報(bào)告話音剛落,時(shí)任國(guó)家物資總局局長(zhǎng)快步走上前,滿含贊許地握著對(duì)孫之榮的手道,“你講得真解渴??!”

這位局長(zhǎng)是為物資總局儲(chǔ)存的事而來。對(duì)方提到,“物資局屬于計(jì)劃經(jīng)濟(jì)的產(chǎn)物,也是我國(guó)的重要戰(zhàn)備力量,所以要妥善處理物資收儲(chǔ)、調(diào)用、中轉(zhuǎn)和日常管理。能不能把你的系統(tǒng)工程用在庫存管理上?”

實(shí)際上,孫之榮最大的心愿就是把系統(tǒng)控制技術(shù)用在經(jīng)濟(jì)領(lǐng)域,兩人一拍即合,竟有一種相見恨晚的感覺。后來在他的努力下,物資存儲(chǔ)工作順利進(jìn)行。

有了這次經(jīng)驗(yàn),孫之榮的所學(xué)迎來了更大的施展機(jī)會(huì)——為山西平朔安太堡露天煤礦做公司投標(biāo)的可行性論證。

這是當(dāng)時(shí)世界最大的露天煤礦,因此選擇哪個(gè)公司開采、怎么開采,都至關(guān)重要。得此機(jī)會(huì),孫之榮認(rèn)識(shí)了數(shù)位系統(tǒng)工程的專家:中科院系統(tǒng)科學(xué)研究所的劉源張、顧基發(fā)、甘兆熙,軍事科學(xué)院的朱松春,社會(huì)科學(xué)院的周方等教授。

在孫之榮心中,他們都是中國(guó)的系統(tǒng)工程戰(zhàn)略科學(xué)家。這也讓他更加認(rèn)可自己的價(jià)值——一切都是圍繞國(guó)家發(fā)展大計(jì)。

那時(shí),孫之榮只是清華一個(gè)科教工作者,無論是年齡還是項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)都是一個(gè)晚輩,他就利用一切時(shí)間做調(diào)研。白天授課后的間隙,晚上回家后的幾個(gè)小時(shí),就連路上的時(shí)間也被他抓來用?;貞浧鹉嵌螘r(shí)間的癡迷勁,孫之榮說,“腦袋好像一刻不停地琢磨事?!?/p>

或許可以用一句“福禍相依”來形容,山西平朔煤礦的項(xiàng)目很快被確定為中外合資“試驗(yàn)田”,直接由西方石油公司的董事長(zhǎng)哈默接手,孫之榮等人的前期研究因此終止。

時(shí)隔四十年,孫之榮講起此事,還是說“多虧了幾位老大哥及時(shí)趕來為我指了出路”。

事實(shí)上,幾位老大哥的交代很簡(jiǎn)單,只用了一句話,“小孫,你還年輕,還有發(fā)展的余地,試試將系統(tǒng)工程和生物學(xué)聯(lián)系起來。”

往后孫之榮曾多次談起此事,想來對(duì)他印象深刻。他說,許多事情是機(jī)遇。比如物資管理、煤礦開發(fā),他事先不知道并不知道能參與到經(jīng)濟(jì)建設(shè)中,也不可能預(yù)先去做充分的準(zhǔn)備。但就在整個(gè)過程中,他把應(yīng)該做的事做了,還完成得非常好,這樣建立起來的信任度,不是輕易能夠動(dòng)搖的。

復(fù)建生物系、騎行農(nóng)科院,結(jié)識(shí)生化界一號(hào)人物  

從那以后,孫之榮便走進(jìn)了另一條路。

孫之榮覺得,要對(duì)生物學(xué)問題進(jìn)行控制、信息、系統(tǒng)工程的研究,一定要深入了解生物學(xué)這個(gè)研究對(duì)象。1984年8月,孫之榮轉(zhuǎn)入清華生物系,成為該系復(fù)建后的第一批重要青年骨干。

生物系在清華早有根基,老生物系于1926年成立,經(jīng)1952年全國(guó)高校院系調(diào)整,清華生物系分散并入北大、中科院生物研究所等,清華生物系就此中斷。直到改革開放后,趙南明等一批學(xué)者(創(chuàng)立清華生物物理研究室并擔(dān)任主任)公派出國(guó)訪學(xué),才意識(shí)到世界科學(xué)的重心正在向信息科學(xué)和生命科學(xué)轉(zhuǎn)移,此后與校長(zhǎng)等人開始籌劃生物系的復(fù)建。

這就是清華校史上極其重要的“1984年生物系復(fù)建”一事。

孫之榮回憶道,復(fù)系之初,教學(xué)、科研條件十分艱苦,尤其場(chǎng)所是一個(gè)最難解決的問題。

當(dāng)時(shí)僅有靠近西門的老生物館,還被改用為校醫(yī)院。而生物系想建一個(gè)細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室,實(shí)在找不到地方,只能將一間多年未使用的女廁所改建而用。而當(dāng)時(shí)生物系的兩支隊(duì)伍(生物物理和生物化學(xué)),所有教學(xué)和科研也都集中在一排面積很小的老舊平房,俗稱“36所”,因?yàn)樵摲恳欢仁强谷諔?zhàn)爭(zhēng)中侵華日軍的兵營(yíng)。

盡管復(fù)建之初物質(zhì)條件不盡人意,但學(xué)者們都興致高漲。

在這支復(fù)建隊(duì)伍中,學(xué)者有三類:清華其他系轉(zhuǎn)入、兄弟院校聘入、留洋學(xué)者引入,共計(jì)三十余人。其中與孫之榮同樣從工物系、工程化學(xué)系、自動(dòng)化系等轉(zhuǎn)來的學(xué)者最多,奠定了清華生物系此后的理工科基礎(chǔ)的特色。

起初轉(zhuǎn)到生物系,孫之榮想事情簡(jiǎn)單直接,把系統(tǒng)工程的研究對(duì)象換成生物。但沒過多久,他就發(fā)現(xiàn)不是那么一回事。

從北大聘來的張宗炳、戴灼華、鄭昌學(xué),以及中科院生物物理所的沈淑敏,整天都是和生化、分子生物學(xué)打交道,結(jié)果每次開會(huì)討論問題,孫之榮都搭不上腔。

對(duì)他而言,生物問題更復(fù)雜,也沒有建立可描述的物理模型,能不能走進(jìn)生物學(xué)的大門還不是定數(shù),何談結(jié)合系統(tǒng)工程?

孫之榮忽然想起,1984年建系初趙南明曾在清華工字廳的一番講話,“近親繁殖必然為自然選擇所淘汰,遠(yuǎn)緣雜交才具有頑強(qiáng)的生命力,人才培養(yǎng)和科學(xué)研究都是如此?!睍r(shí)隔數(shù)月,孫之榮對(duì)這句話深有體會(huì),“要保持我過去的自動(dòng)化特色,擴(kuò)大研究領(lǐng)域,凡是能做量化研究的都去試一試?!?/p>

此時(shí)的生物學(xué)界,一場(chǎng)小麥優(yōu)良育種研究正進(jìn)行得轟轟烈烈。

北京農(nóng)林科學(xué)院植物細(xì)胞工程學(xué)專家胡道芬,一度將優(yōu)良小麥的育種期從8-10年縮短為2-4年。但這一做法也暴露出重大問題——育苗率太低,只有4%左右。

孫之榮察覺到,或許這正是系統(tǒng)工程技術(shù)的用武之地。

簡(jiǎn)單來說,如果將影響小麥育種的所有因素考慮在內(nèi),就能精確得知小麥育種數(shù)、小麥品種譜系圖、親緣關(guān)系圖,從而推導(dǎo)出育種模型,提高育苗率。

1985年到1987年,孫之榮經(jīng)常騎著一輛自行車去往北京當(dāng)?shù)氐霓r(nóng)科院。孫之榮把自己當(dāng)做一名學(xué)生,凡是模棱兩可的問題就去查清楚。當(dāng)時(shí)小他幾歲的中國(guó)農(nóng)科院作物遺傳育種專家李梅芳,就曾多次提供指導(dǎo)和合作。

從饑荒年代走過的人,糧食安全成為他們刻在骨子里的本能。功夫不負(fù)有心人,育苗率從最初的4%提高到23%,最終達(dá)到54%。這個(gè)數(shù)字出來之后,農(nóng)科院現(xiàn)場(chǎng)瞬間喧嘩起來,李梅芳當(dāng)即鼓勵(lì)孫之榮向《植物學(xué)報(bào)》發(fā)論文。

那時(shí)孫之榮38歲,正是需要文章的時(shí)候。但他怎么也沒想到,兩個(gè)月后,他等來的卻是“未通過”的消息。他又騎上自行車,親自去找編輯問個(gè)清楚,原因竟是“沒法評(píng)審,老編輯不懂什么生物工程的新技術(shù)”。

但經(jīng)此一事,孫之榮在生物系引起了不小的反響。

1987年,時(shí)任清華生化教研室主任的鄭昌學(xué)找到孫之榮,他早就發(fā)現(xiàn)孫之榮數(shù)理思維靈活,這次帶來了一本英文版的《現(xiàn)代生物學(xué)導(dǎo)論》,建議孫之榮將這本書中的生化選擇題程序化,做成多媒體課件。

如此一來,不僅能給學(xué)生考試,還能用作教師們備課,尤其是能讓生物系多學(xué)科背景的教師們走動(dòng)起來。

八十年代末,中國(guó)還未流行多媒體輔助教學(xué),孫之榮的這套教材十分搶手,甚至被清華之外的諸多高校所引用。清華生物系順勢(shì)召開了一個(gè)“教學(xué)軟件鑒定會(huì)”,邀請(qǐng)了各大高校生物專家,一起討論如何完善課件。

會(huì)議比想象中還要受歡迎,在場(chǎng)所有人甚至能就一個(gè)細(xì)節(jié)問題討論得熱火朝天。等到會(huì)議結(jié)束,一個(gè)人遲遲沒走,這個(gè)人就是當(dāng)時(shí)被視為“國(guó)內(nèi)農(nóng)業(yè)生化界的一號(hào)人物”——閻隆飛院士。

實(shí)際上,閻隆飛與清華生物系有著不解之緣。他是該系回遷北京的第一屆研究生(1946年),也是當(dāng)年植物生理學(xué)部招收的唯一一名學(xué)生,畢業(yè)后便在北京農(nóng)業(yè)大學(xué)(現(xiàn)中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué))的任教,清華生物系復(fù)系之初還做過一段時(shí)間的兼職教授。

中國(guó)生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

閻隆飛

他把孫之榮叫到一邊,“我看你計(jì)算機(jī)思維挺好的,現(xiàn)在國(guó)際上蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模擬和預(yù)測(cè)大熱,你在這里面大有可為?!?/p>

數(shù)年之后,孫之榮順利加入科技部“863蛋白質(zhì)工程”中,成為中國(guó)理論生物物理隊(duì)伍中的重要一員。

如今回憶起三十多年的那一幕,孫之榮仍然動(dòng)容,“我這一生遇到了很多貴人,閻先生是重要一位,不斷促使我往生物學(xué)路上靠。完全憑自己摸索也可以,但是有個(gè)人點(diǎn)撥一下,就要快得多?!?/p>

時(shí)間一晃到了九十年代,此時(shí)的孫之榮望向中國(guó)學(xué)術(shù)陣地,早已不只是清華一脈,而是遍布全國(guó)各地,有:內(nèi)蒙古大學(xué)羅遼復(fù)(物理出身)、中科院生物物理所陳潤(rùn)生(生物物理出身)、北京大學(xué)來魯華(化學(xué)出身)、天津大學(xué)張春霆(物理出身)、中科大施蘊(yùn)渝(生物物理出身)、上海生化所丁達(dá)夫(數(shù)學(xué)出身)、云南大學(xué)昆明動(dòng)物所劉次全(生物物理出身)、軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)科院吳加金(生物物理出身)等。(下篇將推出《羅遼復(fù)篇》,歡迎添加作者微信搶鮮交流,微信號(hào):icedaguniang)

這群當(dāng)時(shí)平均年齡不到五十歲的學(xué)者,即將推動(dòng)中國(guó)生命科學(xué)進(jìn)入一個(gè)新的主題——生物信息學(xué)。

中國(guó)生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

羅遼復(fù)、陳潤(rùn)生、來魯華、張春霆、施蘊(yùn)渝、劉次全、丁達(dá)夫

群賢畢至,生物信息學(xué)的“黃金歲月”

九十年代,波詭云譎,群賢畢至。

吳旻院士(曾經(jīng)任國(guó)家自然科學(xué)基金委生物學(xué)部主任)積極宣傳生物信息學(xué),他纏著繃帶答辯,啟動(dòng)中國(guó)人類基因組計(jì)劃;陳潤(rùn)生等積極與國(guó)際生物學(xué)家聯(lián)系,首次引入生物信息學(xué)課程;楊煥明等人創(chuàng)立華大公司,推動(dòng)中國(guó)科研與國(guó)際 HGP 接軌。這段精彩故事,請(qǐng)查看《陳潤(rùn)生院士:中國(guó)生物信息學(xué)啟蒙、傳承的三十年「大江大河」》。歡迎添加作者微信(微信號(hào):icedaguniang)

1997年,兩位在數(shù)理科學(xué)領(lǐng)域成績(jī)卓著的科學(xué)家轉(zhuǎn)入生信,一位是郝柏林、另一位是李衍達(dá),則直接將中國(guó)生物信息學(xué)研究推向高潮。

陳潤(rùn)生院士曾對(duì)雷峰網(wǎng)表示,他們的加入之所以被稱為“重要”,“一是分別時(shí)任中科院理論物理所所長(zhǎng)、清華自動(dòng)化系主任(現(xiàn)信息學(xué)院),他們帶來的大批學(xué)術(shù)骨干,壯大了生物信息研究隊(duì)伍;二是彼時(shí)他們已當(dāng)選中國(guó)科學(xué)院學(xué)部委員(院士),很大程度上代表了學(xué)術(shù)風(fēng)向,激發(fā)學(xué)界對(duì)生信研究的興趣。”

中國(guó)生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

李衍達(dá)、郝柏林

與此同時(shí),孫之榮已經(jīng)有過一年的國(guó)外訪問經(jīng)歷,師從著名的皇家學(xué)會(huì)院士,英國(guó)倫敦大學(xué)Birkbeck College的Tom Blundell教授,不僅對(duì)生物信息學(xué)有了更深入的了解,也開闊了國(guó)際視野。

1997年,借著這股東風(fēng),李衍達(dá)、孫之榮結(jié)合自動(dòng)化系、生物系兩系之長(zhǎng),成立了國(guó)內(nèi)第一所跨院系的“生物信息學(xué)研究所”。

中國(guó)生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

孫之榮與Tom Blundell教授

事實(shí)證明,研究所一經(jīng)成立就如同樹立了一面旗幟,附近高校乃至于全國(guó)的零散學(xué)術(shù)力量都,就像擁有了主心骨似的自動(dòng)凝聚,為此后召開生信學(xué)術(shù)活動(dòng)奠定了深厚基礎(chǔ)。

1998年,國(guó)內(nèi)首屆以“生物信息學(xué)”命名的研討會(huì),就在清華圖書館的學(xué)術(shù)報(bào)告廳內(nèi)召開。

孫之榮稱,早期小范圍辦會(huì)只取了一個(gè)“華北地區(qū)生物信息學(xué)研究會(huì)”的名字,清北、中科院、天津、內(nèi)蒙古多地共50名教授予以支持,諸如,天津大學(xué)張春霆院士、中科院生物物理所陳潤(rùn)生院士,王志新院士、中科院理論物理所郝柏林院士,鄭偉謀研究員、內(nèi)蒙古大學(xué)羅遼復(fù)教授、北京大學(xué)的來魯華教授等人。

而這次會(huì)議現(xiàn)場(chǎng),還有一位特別的人,他就是時(shí)任清華科技處處長(zhǎng)的龔克。

龔克世家治學(xué),其父龔育之是中央黨校的哲學(xué)工作者,是我國(guó)科學(xué)技術(shù)哲學(xué)和相關(guān)學(xué)科的奠基人之一,其母孫小禮更是書香門第,上至祖父都與北大有著不解的緣分。龔克的出現(xiàn),無疑代表了清華整體以及中國(guó)學(xué)術(shù)圈對(duì)生信這一新興交叉學(xué)科的支持。

孫之榮等人躊躇滿志,籌備全國(guó)生信大會(huì)的心愿變成一種迫切。

時(shí)下放眼全球,生命科學(xué)領(lǐng)域的火熱程度可以用“新大陸”形容。幾乎所有的全球大型制藥公司做出重點(diǎn)部署,摩托羅拉、日立、佳能、惠普、IBM等科技公司多有涉足。就我國(guó)而言,彼時(shí)也有近30家科研機(jī)構(gòu)涉及基因芯片。新世紀(jì)之初,基因組學(xué)一越成為“世界十大科技”榜首。

時(shí)局促動(dòng),孫之榮敏銳察覺,“此時(shí)正是召開全國(guó)生信大會(huì)的最佳時(shí)機(jī)?!?/p>

等辦會(huì)公文正式下發(fā),北京多家相關(guān)企業(yè)和機(jī)構(gòu)紛紛前來報(bào)名承辦,時(shí)任北京市生物醫(yī)藥中心主任的雷霆親自找到孫之榮,不僅愿意出面組織會(huì)議,還要提供經(jīng)費(fèi)支持。2000年8月,第一屆全國(guó)生物信息學(xué)大會(huì)在軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院召開。

與1998年的華北會(huì)議相比,孫之榮明顯感覺到生信的發(fā)展更通暢了,會(huì)議現(xiàn)場(chǎng)也異于火爆。

“軍事醫(yī)學(xué)院??扇菁{四百多人的大廳座無虛席,連過道和前后四個(gè)門口全都站滿了人,說連落腳的地方都沒有都不夸張?!?/p>

沒辦法,孫之榮和負(fù)責(zé)舉辦的賀福初、吳加金決定中途清場(chǎng),以便讓那些有“合法身份”(提前報(bào)名)的人得以入座,其他慕名而來者“見縫插足”。

值得一提的是,為了籌辦這次會(huì)議,孫之榮還特意邀請(qǐng)了兩位上海學(xué)者--丁達(dá)夫、趙國(guó)屏。他們?cè)凇?63”項(xiàng)目中就與孫之榮結(jié)識(shí),彼時(shí)都發(fā)展為上海生物信息學(xué)中心的中堅(jiān)力量。

因此,對(duì)于他們的到來,孫之榮明顯還有一層深意,借機(jī)促進(jìn)北京上海兩地的生信交流。

2001年9月,北京大學(xué)理論生物學(xué)中心(現(xiàn)為“北京大學(xué)定量生物學(xué)中心”)正式成立,重要成員有來魯華、佘振蘇、湯超、歐陽頎等人。

2002年,第二屆全國(guó)生信會(huì)議便在北大舉辦。李衍達(dá)與孫之榮所建的“清華生物信息研究所”,也在2002年6月發(fā)展為國(guó)內(nèi)首家部屬“生物信息學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”,吸引了來自生物系、自動(dòng)化系、計(jì)算機(jī)系,物理系等學(xué)者的加入。而這也意味著,生物信息學(xué)正式從高校走向更大領(lǐng)域。

中國(guó)生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路


孫之榮自1996年開始指導(dǎo)博士生,博士畢業(yè)答辯合影

孫之榮稱,自己的學(xué)術(shù)研究也正是從那時(shí)豐富起來。

他將機(jī)器學(xué)習(xí)用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、亞細(xì)胞定位、AK-STAT的計(jì)算系統(tǒng)動(dòng)力學(xué)模擬、計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)、復(fù)雜疾病系統(tǒng)生物學(xué)等方面,僅十篇論文共被引近5000次,其中一篇發(fā)表在《生物信息學(xué)雜志》的論文,單篇引用達(dá)1000多次。

蔡祿(現(xiàn)任內(nèi)蒙古科技大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院院長(zhǎng))是孫之榮的博士后,曾在80年代師從內(nèi)蒙古大學(xué)物理系羅遼復(fù)教授,2000年后來到清華,與孫之榮朝夕相處了整整兩年。說起自己走上生信道路的緣由,他直言,自己正是被孫之榮的論文吸引而來,“他身上有一種多學(xué)科結(jié)合起來的秩序感?!?br/>

非典爆發(fā)、小人作怪,學(xué)會(huì)申請(qǐng)路難競(jìng)   

眼看生信發(fā)展逐步走上正軌,2002年11月初,非典爆發(fā)。

2003年5月北京成為疫情重災(zāi)區(qū),第三屆全國(guó)生信大會(huì)也因此泡湯,這一停就是六年。

實(shí)際上,這一時(shí)期國(guó)內(nèi)外生信發(fā)展正如火如荼,四個(gè)HGP姊妹項(xiàng)目和Sc2.0項(xiàng)目于2003年啟動(dòng),美國(guó)高校也普遍開設(shè)生物信息學(xué)系,國(guó)內(nèi)團(tuán)隊(duì)不僅積極參與了這些項(xiàng)目,還斥巨資建立了基因組測(cè)序的基礎(chǔ)設(shè)施,在水稻、蠶和熊貓等多個(gè)領(lǐng)域和物種上取得了許多發(fā)現(xiàn)。

毋庸置疑,有了這些項(xiàng)目實(shí)踐,中國(guó)已是基因組測(cè)序領(lǐng)域的全球公認(rèn)參與者,也更迫切與國(guó)外學(xué)者進(jìn)行生信交流。

2003年11月,在中科院數(shù)學(xué)所陸汝鈐院士的盛邀下,徐鷹回國(guó)舉辦“國(guó)際生物信息學(xué)研討會(huì)”(IBW)總算補(bǔ)上了缺口。這段故事請(qǐng)看《90年代「最好基因測(cè)序算法」發(fā)明人徐鷹:AI生命科學(xué)的30年快意人生》。歡迎添加作者微信(微信號(hào):icedaguniang)

徐鷹曾言,為了首屆國(guó)際會(huì)議,各邀請(qǐng)了國(guó)內(nèi)外十位教授,但幾天會(huì)議下來大家都有點(diǎn)意猶未盡的感覺,孫之榮見狀提議,“不如辦成系列會(huì)議,下屆會(huì)議就由清華舉辦?!庇纱?,每?jī)赡暌粚玫母咝]嗈k傳統(tǒng)沿襲開來。

此后,我國(guó)從事生物信息學(xué)的個(gè)人和團(tuán)隊(duì)迅速增加,例如哈爾濱醫(yī)科大學(xué),2004年3月正式批準(zhǔn)成立了國(guó)內(nèi)首個(gè)生物信息學(xué)系,李霞為系主任,郭政為副主任,2007年又在該系的基礎(chǔ)上率先成立國(guó)內(nèi)首家“生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院”。

陳潤(rùn)生曾評(píng)價(jià),“沒想到在中國(guó)的東北角竟有隱藏著如此進(jìn)展?!?/p>

2008年,孫之榮、陳潤(rùn)生、郝柏林三人一致決定:重啟全國(guó)生信大會(huì),成立中國(guó)生信一級(jí)學(xué)會(huì),兩件事要同時(shí)進(jìn)行,刻不容緩。

然而時(shí)過境遷,六年里不少產(chǎn)企頭目偷梁換柱,巧借生信招牌盈私利,等到孫之榮等人想要重啟大會(huì)時(shí),竟無端生出諸多枝節(jié)。

無奈之下,孫之榮找到中國(guó)細(xì)胞生物學(xué)學(xué)會(huì),只好將“中國(guó)生信學(xué)會(huì)”掛靠于該組織之下。有了這塊“牌子”,孫之榮總算舒了一口氣,至少不耽誤辦會(huì)。但他沒想到的是,這個(gè)問題僅僅只是冰山一角。

2014年10月,第六屆生信大會(huì)在江蘇舉辦,孫之榮對(duì)這屆會(huì)議印象深刻,因?yàn)榇舜螘?huì)上建成“一級(jí)學(xué)會(huì)”的呼聲很高。為此,孫之榮逐一拜訪了九位院士(張春霆、李衍達(dá)、陳潤(rùn)生、郝柏林、強(qiáng)伯勤、沈巖、楊煥民、歐陽中燦、歐陽頎),希望爭(zhēng)取他們的聯(lián)名支持。

兩個(gè)月后,孫之榮舉著半臂高的材料去往科協(xié),本以為能在新年到來前辦成此事,卻在科協(xié)向外征詢意見時(shí)受阻,聽口風(fēng)得知,有好事者在背后說了壞話,聲稱生物信息學(xué)缺乏自身理論體系。

爭(zhēng)執(zhí)在所難免,但這一污名太過牽強(qiáng)。反復(fù)拉扯了兩年后,2016年,中國(guó)科協(xié)終于寫下“同意成立”四個(gè)字。

但此事遠(yuǎn)沒有結(jié)束,民政部登記注冊(cè)環(huán)節(jié)又被再度擱淺。時(shí)至今日,民政部以《社會(huì)組織登記管理?xiàng)l例》修訂、領(lǐng)導(dǎo)班子更換為由,導(dǎo)致學(xué)會(huì)申請(qǐng)成為公認(rèn)的“遺留問題”。

中國(guó)生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

2015年清華生物計(jì)算30周年,生物信息20周年,孫之榮(居中)與實(shí)驗(yàn)室部分畢業(yè)研究生留影

當(dāng)然也并非沒有好消息。

2016年,中國(guó)科協(xié)審批通過后,為了能夠開展各種學(xué)術(shù)活動(dòng),科協(xié)領(lǐng)導(dǎo)指示:同意中國(guó)生信學(xué)會(huì)采取“籌建”形式,保證正常的學(xué)術(shù)交流。而孫之榮也多了一個(gè)頭銜--“候任”理事長(zhǎng)。

如今,盡管中國(guó)生信學(xué)會(huì)仍頂著籌建的帽子,卻已經(jīng)有了實(shí)質(zhì)性進(jìn)展,16個(gè)專業(yè)委員會(huì)相繼成立,全國(guó)16個(gè)省市也成立了地方生信一級(jí)學(xué)會(huì)。

在前不久的第11屆生信大會(huì)上,有人問孫之榮,為何一定要堅(jiān)持舉辦中國(guó)生物信息學(xué)大會(huì),甚至可能犧牲個(gè)人學(xué)術(shù)和事業(yè)。

孫之榮百感交集,實(shí)際上這個(gè)問題他已經(jīng)問過自己無數(shù)次。

他緩緩答道:“個(gè)性化的自由探索很重要,但在新的形勢(shì)下,各種高維數(shù)據(jù)的產(chǎn)生、學(xué)科深度交叉、科學(xué)和技術(shù)的協(xié)同演變,迫切需要我們大家一起有組織的科研和攻關(guān),系統(tǒng)解決國(guó)家和人民關(guān)心的重大問題?!?/p>

換句話說,這是屬于孫之榮的人生命題。

半生奔波,不虛此行

回望七十余載歲月,孫之榮給自己評(píng)了個(gè)“不虛此行”。

2020年9月27日,第九屆全國(guó)生物信息學(xué)與系統(tǒng)生物學(xué)學(xué)術(shù)大會(huì),孫之榮從主持人手中接過了“中國(guó)生物信息學(xué)終身成就獎(jiǎng)”的獎(jiǎng)杯和榮譽(yù)證書。

很多人不清楚,孫之榮的一生沒有院士頭銜,因此,“終生成就獎(jiǎng)”幾個(gè)字的分量已經(jīng)相當(dāng)重。

實(shí)際上,這一榮譽(yù)是中國(guó)生物信息學(xué)學(xué)會(huì)(籌)頒發(fā)的首批中國(guó)生物信息學(xué)終身成就獎(jiǎng),獲獎(jiǎng)?wù)呔鶠槲覈?guó)生物信息學(xué)研究領(lǐng)域的開創(chuàng)者,表彰他們?nèi)〉玫闹匾獙W(xué)術(shù)成就和為我國(guó)生物信息學(xué)發(fā)展作出的巨大貢獻(xiàn)。其他五位獲獎(jiǎng)人為陳潤(rùn)生院士、郝柏林院士、李衍達(dá)院士、羅遼復(fù)教授、張春霆院士。

作為幾人中最年輕的學(xué)者,孫之榮也已經(jīng)年過七旬。在他看來,這是同行對(duì)自己以往教學(xué)、科研工作的肯定,也是對(duì)自己多年來組織生信會(huì)議的認(rèn)可。

中國(guó)生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

在與雷峰網(wǎng)(公眾號(hào):雷峰網(wǎng))的對(duì)話結(jié)束之時(shí),孫之榮教授似乎在回望自己的人生以及并肩前行的伙伴。

他說,“羅遼復(fù)遠(yuǎn)在內(nèi)蒙,張春霆、李衍達(dá)先生也年事已高,郝柏林已經(jīng)走了,但我和潤(rùn)生站在那,為的就是要把生物信息學(xué)的脈絡(luò)延續(xù)下去?!?/p>

中國(guó)生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

作者注:

自中國(guó)參與人類基因組計(jì)劃以來,生物信息學(xué)科迎來大爆發(fā)。

在近三十年的時(shí)間里,一大批生物、化學(xué)、物理、計(jì)算等專業(yè)的學(xué)者,前仆后繼加入到學(xué)科的產(chǎn)研建設(shè),那是一個(gè)靈感迸發(fā)、情誼綿長(zhǎng)的年代,也是一個(gè)走出質(zhì)疑、迷茫的年代。

目前,雷峰網(wǎng)啟動(dòng)《生物信息學(xué)的三十年往事》專題,將陸續(xù)推出 陳潤(rùn)生、孫之榮、羅遼復(fù)、張春霆 等老一輩學(xué)者的人物故事,記錄光輝歲月,以照后人之路。

本文作者吳彤關(guān)注生物信息學(xué)、AI制藥、醫(yī)療機(jī)器人,歡迎添加作者微信(微信號(hào):icedaguniang)交流。

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