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| 本文作者： 任平 | 2022-08-03 10:36 |
“我父母都是化學(xué)家，在學(xué)校教了一輩子書。父親今年已經(jīng)90歲了，照片上還挺健康的。這些年的研究，我從一個計算機科學(xué)老師，慢慢成了生物化學(xué)老師，終歸是和父親越來越像了?！?/p>
7月17日7點50分，上海還沒出梅，溫度徘徊在35度，悶熱陰沉。
徐鷹透過舷窗看著機場入口處，因為24小時核酸報告折騰了自己兩個小時的安保還站在原地，但自己卻仿佛去了一趟魔幻現(xiàn)實主義世界。
他沒想到的是，自己研究了一輩子的生物學(xué)，幾乎每天都和蛋白質(zhì)、核酸打交道，如今卻要被一份有時效性的核酸報告急得團團轉(zhuǎn)。
徐鷹坐在航班座位上，這是他在國內(nèi)隔離14天后，第一次放松下來看看外面的世界，“謝天謝地，現(xiàn)在沒人能再攔住我了?！?/p>
兩個半小時后，他將和父親一起在家鄉(xiāng)長春見面。
從1993年起，過去的30年里，徐鷹每年這個時候都會回國住上一個多月，期間主持生物信息學(xué)領(lǐng)域的研討會，開展青年學(xué)生的暑期課程。
但在2022年隔離期結(jié)束后，徐鷹的時間被壓縮到只剩下22天。相比于去年夏天“14+7+7”的隔離政策，徐鷹反倒覺得時間還有很多，有足夠時間開展今年的安排。
第二天，徐鷹發(fā)了一條朋友圈，把在上海隔離的半個月仔細(xì)整理出來，像是一篇紀(jì)實小記，最后一句話是“希望疫情能快點結(jié)束，大家都少遭點罪”。
配圖是他和父親站在長春的家中，藍(lán)天白云，天氣清爽。
梳理過去的工作，是徐鷹多年來一直保留的習(xí)慣。這個習(xí)慣也讓徐鷹做成很多開辟性的工作，比如在橡樹嶺國家實驗室和田納西大學(xué)，共同建立美國最早的生物信息學(xué)博士點、創(chuàng)建佐治亞大學(xué)生物信息學(xué)研究所、發(fā)起國內(nèi)兩項生物信息學(xué)領(lǐng)域的國際研討會——IBW與ICSB。
去年，徐鷹當(dāng)選IEEE Fellow。在學(xué)術(shù)科技界，它被認(rèn)定為權(quán)威的榮譽和重要的職業(yè)成就，每年由同行專家在做出突出貢獻(xiàn)的會員中評選出，當(dāng)選人數(shù)不超過IEEE會員總?cè)藬?shù)的0.1%。
這是徐鷹繼2007年當(dāng)選AAAS Fellow（美國科學(xué)促進學(xué)會院士）后的又一個重要榮譽。
多年的研究和奔波，讓徐鷹親歷了生物信息學(xué)發(fā)展的三十年。很多人來了又走、走了又來，但徐鷹卻逐漸從一個計算學(xué)者，蛻變一個生物化學(xué)學(xué)者，始終透著一股不知疲倦的興奮。
1985年，25歲的徐鷹剛到美國，人類基因組計劃在美國被正式提出。
“生物信息學(xué)”在這一計劃的推動下，成為一門新學(xué)科，迅速吸引到從生物學(xué)、化學(xué)、物理，以及數(shù)學(xué)和計算機科學(xué)領(lǐng)域而來的年輕人。
徐鷹從未想過，有一天會與生物信息學(xué)結(jié)緣。
從本科到博士，徐鷹一直讀的是計算機系。1978年進入吉林大學(xué)計算機科學(xué)系（7年本碩課程），隨后進入了美國科羅拉多大學(xué)博爾德分校，繼續(xù)攻讀博士學(xué)位。
其中一個重要的小插曲是，因為一直對數(shù)學(xué)感興趣，當(dāng)時徐鷹想要報考的是吉林大學(xué)數(shù)學(xué)系。但身為計算機學(xué)者的叔叔徐如鏡建議，“（學(xué)數(shù)學(xué)）不如學(xué)計算機軟件”。
徐鷹連這個專業(yè)名稱都沒有聽說過。但聽到能用計算機研究數(shù)學(xué)問題，決定改報計算機科學(xué)系。他的父母是該校的化學(xué)系教授，在學(xué)什么這個問題上，他們秉持“放養(yǎng)”模式，從未干涉過兒子的個人選擇。
當(dāng)時，吉林大學(xué)計算機科學(xué)系剛剛建系第三年，是國內(nèi)最早從事人工智能研究的單位之一。
1976年，在王湘浩院士的帶動下，一批有著深厚數(shù)學(xué)背景的吉林大學(xué)教授，如管紀(jì)文、劉敘華、姜云飛等教授，紛紛從拓?fù)鋵W(xué)、數(shù)學(xué)轉(zhuǎn)向了代數(shù)和計算機。
七八十年代，吉林大學(xué)的計算機學(xué)者群星璀璨，扛起了國內(nèi)人工智能研究的大旗，也為徐鷹等后輩們從事計算機研究，打下了極好的數(shù)學(xué)底子。
尤其是本科階段，徐鷹深受教過他一年半《離散數(shù)學(xué)》的劉敘華教授影響，第一次發(fā)現(xiàn)了“數(shù)學(xué)的美”。這也讓他堅定了，自己更擅長數(shù)學(xué)理論研究。
讓徐鷹沒想到的是，數(shù)學(xué)和計算機背景的他會在來到美國的八年后，成為人類基因組計劃的親歷者，并在接下來的三十年里，一直扎根在生物信息學(xué)領(lǐng)域，成為一名（計算）生物化學(xué)學(xué)者。
1993年，是徐鷹在科羅拉多礦業(yè)學(xué)院任教的第二年。在這所工科見長的學(xué)校，他正苦惱自己的理論研究與學(xué)校有分歧，思考自己究竟擅長什么。
那段時間，徐鷹看到了橡樹嶺國家實驗室（下稱“橡樹嶺”）計算與數(shù)學(xué)部招人的消息。
憑借著數(shù)學(xué)背景，徐鷹順利進入該實驗室。
橡樹嶺，幾乎可以用“科研圣地”來形容。
這家成立于二戰(zhàn)期間的實驗室，曾參與到美國陸軍部研制原子彈計劃中，與新墨西哥州的一所實驗室共同制造出兩顆原子彈，其中投放到日本長崎的這顆，就是橡樹嶺所研制。
二戰(zhàn)結(jié)束后，原來橡樹嶺的管理部門——美國原子能委員會改名美國能源部，橡樹嶺的使命也變?yōu)槟茉囱芯俊?/p>
位于田納西州以西30公里處的克林頓小鎮(zhèn)，坐落在山溝里
徐鷹參與的項目，正是當(dāng)時大火的“人類基因組計劃的測序工作”。
徐鷹回憶，實驗室想找一個做統(tǒng)計的人，幫著他們在DNA測序序列中尋找蛋白編碼基因，從而弄清楚每種基因制造的蛋白質(zhì)及其作用。
那時候，徐鷹從并沒有正經(jīng)學(xué)過統(tǒng)計，但在研究員Ed Uberbacher的指導(dǎo)下，開始第一次嘗試用統(tǒng)計方法寫程序。
這也是徐鷹第一次將計算機、數(shù)學(xué)、生物這三門學(xué)科聯(lián)系起來。
Ed Uberbacher
由于這一次的嘗試，徐鷹似乎找到了門路和感覺。
1993年到1995年期間，徐鷹所研發(fā)的計算機程序GRAIL，成為那個時代最好用的基因測序工具。直到2000年代中期，這一程序依舊是該領(lǐng)域的研究“標(biāo)配”，文章引用次數(shù)超1000篇。
此后，徐鷹在橡樹嶺的工作更加順利。
1995年，徐鷹有了獨立實驗室，開始獨立培養(yǎng)學(xué)生及博士后學(xué)者，也將基因組測序的工作逐漸交到學(xué)生手中。
1997年，徐鷹看到了新的機會——蛋白結(jié)構(gòu)折疊——一個編碼基因蛋白折疊成的三維形狀將決定這個蛋白的功能。他要研究的是使用生物統(tǒng)計及計算方法，預(yù)測出蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)。
徐鷹覺得，這項工作會涉及到更多的數(shù)學(xué)，也會涉及到一些物理，“或許可以做得很長久”。
1997年，徐鷹換到蛋白質(zhì)折疊的項目也從原來的數(shù)學(xué)與計算機科學(xué)部，轉(zhuǎn)到了生命科學(xué)部擔(dān)任這一課題的組長，一點點從生物信息學(xué)的邊緣走向中心。
一年后，徐鷹和許東（現(xiàn)任密蘇里大學(xué)校董事會教授）第一次見面。
徐鷹說到，自己想找一個有生物物理背景的人，正好許東申請了橡樹嶺。
許東教授
1998年，許東從美國國家癌癥研究所讀完博士，拒絕了一個工資翻了幾倍的生物制藥公司。
當(dāng)時這個專業(yè)有多吃香？
據(jù)說，只要候選人會用特別簡單的BLAST工具（生物大分子序列比對搜索工具），就是最搶手的人才。
許東稱，1995年測序工作大火后，他看到一個制藥公司一口氣招了80多個生物信息學(xué)背景的人——全職。
“那真是一段泡沫期，很多人都挺動心，我當(dāng)時也想去工業(yè)界，后來還是放棄了，我更喜歡做學(xué)術(shù)?！?/p>
此后的三十年里，許東與徐鷹軌跡幾乎一致。如今他們都已卸任行政職務(wù)，成為各自學(xué)校的董事會教授。
時間回到1998年。許東的加入，讓徐鷹的團隊多了生物物理學(xué)（Biophysics）的背景。
他們一起做了一個蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測程序Prospect，在蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測上反響不錯，二人也在生物信息學(xué)領(lǐng)域里小有名氣。
2001年，人類基因組測序的工作草圖完成，成為人類基因組計劃中的重大里程碑，徐鷹和許東就是其中功不可沒的兩個人。兩人共同獲得了R&D100獎——《R&D雜志》頒發(fā)給世界上每年度最重要的100項發(fā)明創(chuàng)造獎項。
當(dāng)時的李明（現(xiàn)任加拿大滑鐵盧大學(xué)計算機科學(xué)系教授），已經(jīng)是領(lǐng)域內(nèi)人盡皆知的“大學(xué)者”。
他和堵丁柱教授在1995年在中國創(chuàng)辦的COCOON會議（計算與組合學(xué)會議），如今已成為世界知名的理論計算機會議。
1997年，他曾運用信息距離理論以及自然語言理解，開發(fā)出新一代的搜索引擎，論文成果也在世界頂級會議KDD-07上發(fā)表。
李明教授
機緣巧合之下，李明與徐鷹、許東兩位成了好朋友，還拉著兩人到自己公司Bioinformatics Solutions Inc（BSI）擔(dān)任技術(shù)顧問。
被業(yè)界譽為“AI預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)全球第一人”的許錦波，那時候還在滑鐵盧大學(xué)，跟著李明念博士。
經(jīng)由李明的介紹，許錦波也參與到蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測項目中。后來，徐鷹和許東將所有的源代碼交給了李明和許錦波。在此基礎(chǔ)上，許錦波也將這一程序發(fā)展得更好，打造出端到端模型及計算程序 Raptor。
許錦波教授
時間來到21世紀(jì)。2002年年底，已經(jīng)在橡樹嶺待了十年的徐鷹萌生出新的想法，動心再回學(xué)校。
一則橡樹嶺改為能源研究后，80%的經(jīng)費都來自美國能源部。盡管不用愁錢的問題，但是研究方向成為了能源。
另外，從尋找蛋白編碼基因到蛋白結(jié)構(gòu)折疊，徐鷹也發(fā)現(xiàn)，自己對生物學(xué)具有極大的興趣。
“或許，我不用再為別人做計算工具，完全可以用別人的工具，解決自己關(guān)心的生物學(xué)問題?！?/p>
2003年4月14日，人類基因組計劃的測序工作全部完成，徐鷹的這一想法也更加堅定。
徐鷹和許東一同離開橡樹嶺，分別去了佐治亞大學(xué)和密蘇里大學(xué)，一個成為學(xué)校首個生物信息所所長，一個成為最年輕的系主任。
2003年，李明也計劃換個環(huán)境。因為不喜歡美國教學(xué)系統(tǒng)的條框束縛，他正準(zhǔn)備離開加利福尼亞大學(xué)圣塔芭芭拉分校（UCSB，離洛杉磯1.5小時車程，號稱全美最美大學(xué)）。
李明從朋友那里輾轉(zhuǎn)聽說了徐鷹的消息，主動聯(lián)系后者。他表示，只要徐鷹想去UCSB，他就給系里寫推薦信，接替自己的位置。
多年后徐鷹回憶，那時候，生物信息學(xué)領(lǐng)域中的華人學(xué)者會有一種“抱團”意識：不管是自己的“老大哥”李明、和自己“同窗”六年的許東，還是后輩許錦波，大家時不時聚在一塊，互相扶持，一起鉆研學(xué)科里的新問題。
不過，徐鷹并沒有去UCSB。
當(dāng)時，還有兩所學(xué)校向徐鷹拋來了橄欖枝。
一所是紐約州立大學(xué)石溪分校（位于長島），核物理學(xué)家、諾貝爾物理獎獲得者楊振寧，曾在該校執(zhí)教37年。
另一所就是徐鷹最終的決定——佐治亞大學(xué)。
徐鷹是東北人，東北人疼媳婦也是全國出名。當(dāng)時，徐鷹的夫人在考察了三所學(xué)校后覺得，長島和圣塔芭芭拉兩地的生活費用太高，最后選擇了位于雅典市的佐治亞大學(xué)。
就這樣，徐鷹開始了在佐治亞大學(xué)的教學(xué)之路。
2000年初，生物信息學(xué)科紅極一時。佐利亞大學(xué)的一批教授向?qū)W校聯(lián)合提議，希望學(xué)校建立一個生物信息研究所。
囿于沒有合適的所長人選，這件事一直拖了兩年。
2002年年底，佐治亞大學(xué)的一位華人學(xué)者汪必成（現(xiàn)任生物化學(xué)與分子生物學(xué)系教授），聽聞了徐鷹回歸學(xué)校的想法，主動聯(lián)系徐鷹到佐治亞大學(xué)做了一場報告。
報告結(jié)束后，兩個人一起吃晚飯。推杯換盞中，汪必成提了一句，“這兩年我們一直在物色一個生物信息研究所的所長，你有沒有興趣？”
見徐鷹還在猶豫，汪又稱，“我們可以幫你拿到佐治亞州的科學(xué)協(xié)會（Georgia Research Alliance, GRA）著名學(xué)者講習(xí)教授 (Eminent Scholar Chair)的位置，GRA是一個以招收世界級杰出學(xué)者的州政府項目?！?/p>
這份“就職禮”特別貴重。
具體來說，就是佐治亞州政府每年拿出3000萬美元的啟動資金，幫助州里的6所主要的公立大學(xué)面向全世界招生。美國《時代周刊》還為此做過報道。
徐鷹聽聞，汪當(dāng)初就是以這種形式，被從匹斯堡大學(xué)引入佐治亞大學(xué)。
2002年左右，佐治亞州里共有大概有三、四十個杰出學(xué)者，那些人起碼都比徐鷹大20歲。徐鷹才40出頭，自覺這份新工作“誠惶誠恐”。
汪多次對徐鷹表示，他是最合適的人選，并保證徐鷹來了可以挑一個自己最喜歡的系。
汪也建議，徐鷹選擇治亞大學(xué)里最強的系--生物化學(xué)與分子生物學(xué)系（生化系）。隨后，在徐鷹訪問期間，當(dāng)時生化系的系主任David Puett教授趕來，與徐鷹見了面，鼓勵他申請生化系。
David Puett教授
徐鷹回憶，“在佐治亞大學(xué)，對我影響最大的一個人，就是David教授?！?/p>
從1969年開始，David就開始了在新陳代謝和內(nèi)分泌學(xué)等領(lǐng)域的研究，是一位具有物理和生物化學(xué)背景的學(xué)者，而他本人也極具紳士氣質(zhì)。
從他那里，徐鷹不僅學(xué)到了傳統(tǒng)的腫瘤生物學(xué)研究方法，自己豪爽、健談的心態(tài)也變得更謙和。
也許是徐鷹連獲五年“橡樹林國家實驗室重要成就獎”，也許是見了一面后發(fā)現(xiàn)徐鷹特別敢想，這位老教授看到了徐鷹身上更多的可能。
Just You! ”(就你了)
轉(zhuǎn)眼要到新年，徐鷹終于答應(yīng)下來。
很快，徐鷹拿到了佐治亞大學(xué)的正式聘書：校董事會教授、佐治亞科學(xué)協(xié)會著名學(xué)者講習(xí)教授，佐治亞大學(xué)生物信息研究所首任所長，以及一份他當(dāng)時覺得高的邪乎的工資。
徐鷹講起來這件事，有些感慨：“從零開始建設(shè)一個研究所，會有很多的工作要做，但這件事本身就是一件很榮耀的事?！?/p>
新官上任，情況真如徐鷹所料，只有一個光禿禿的生物信息研究所，緊接著就是招老師、建博士點、招學(xué)生，什么都是從零開始。
佐治亞大學(xué)的科研副校長只給了徐鷹4個教職名額。徐鷹想擴大師資，就想了一招——和其他系合招老師。
不管學(xué)校里有沒有人知道這個新成立的研究所，徐鷹逛遍了學(xué)校，把所有與生物信息相關(guān)的系都拜訪了下來。
他與其他系主任約定：研究所出一半工資，系里面出一半工資，合作招聘老師。
用這個辦法，徐鷹的研究所一口氣招了8位老師。
萬里長征終于邁出了第一步，徐鷹還想建一個生物信息學(xué)的博士點。
不過，這件事有點麻煩。
學(xué)校要成立一個新的博士點，首先要爭取已經(jīng)設(shè)了博士點的相關(guān)系的同意，保證不會搶他們的生源。
其次是到州里，拿到Board of Regents（董事會）的批準(zhǔn)，保證不會從州里其他學(xué)校的博士點搶生源。
這層審批相當(dāng)于進入了國內(nèi)的省級高等教育局那里蓋章。
徐鷹一共拜訪了本校的32位系主任。每到一個系就講，為什么建生物信息博士點是雙贏的事情、為什么我們不會搶你們的生源，為什么只會擴大我們共同的生源。
最后，32個系主任都同意了，學(xué)校層面就算是批了。徐鷹趁熱打鐵，又去了佐治亞州唯一有生物信息博士點的另一所學(xué)校佐治亞理工學(xué)院。
很巧，徐鷹和佐治亞理工學(xué)院生物信息中心主任是朋友。一頓飯后，那位主任表示，“沒有問題，我完全支持你。”
從進入佐治亞大學(xué)到招到8位老師，成功設(shè)立博士點，徐鷹用了不到一年。在不斷的奔走中，徐鷹也接觸到很多志同道合的人。
徐鷹稱，當(dāng)時微生物系的系主任幫著他寫申請材料，跑各種機構(gòu)，“他們也愿意看著新機構(gòu)變大?！?/p>
隨著系里和其他學(xué)校里越來越多的人支持，2005年的春天，佐治亞大學(xué)生物信息研究所招到了第一批博士生，17個人。
這個成績在佐治亞大學(xué)里還有點小轟動。
作為研究所的所長，科研副校長給徐鷹漲了工資。
徐鷹覺得，自己擔(dān)任所長本可以拿到一份相當(dāng)于一個月工資的補貼，于是他跟科研副校長說：我的工資已很高了，這份補貼我就不拿了。
同時，他還把入職佐治亞大學(xué)后的第一次漲工資的份額，全部捐給了系里的幾個秘書。
徐鷹想起二十年前的那段時光，他說，“那時候不是特別自信，總覺得我怎么有這么好的位置，別弄錯了。”
但他至今對自己曾產(chǎn)生的推動力感到欣慰。
徐鷹還做了一個工作，首創(chuàng)了實驗室系列講座的傳統(tǒng)。
一般來說，學(xué)校里會以系的名義舉辦各種系列講座，但徐鷹來了之后，每周都會從外面請一些學(xué)者到自己的實驗室。開始請的是本校不同系的人，漸漸的是學(xué)校附近的人，一兩年后又變成了車程4小時范圍內(nèi)的人。
徐鷹稱，每次請來的人都是他和學(xué)生“精挑細(xì)選”過的。
如果某一段時間他們需要對腫瘤代謝系統(tǒng)有個了解，就一起查文獻(xiàn)，看看哪些人最厲害，再從中篩選出4個小時車程圈的人。
用這樣的方式，徐鷹帶著學(xué)生一起，啃下一門又一門的新學(xué)科。徐鷹也年輕過，他知道年輕人需要參與感、存在感。
他還喜歡徒步，每逢周末能一口氣走12公里，平時就去其他系的辦公室“溜達(dá)”。
當(dāng)時，時任佐治亞大學(xué)物理系主任的Bernd Schuttler教授，就是徐鷹主動搭訕來的好友。
徐鷹聽聞他做了多年天體物理方面的計算，走進他的辦公室，上來就問，“你能給什么東西建模？”
Bernd看著這個剛?cè)肼毦鸵ㄔO(shè)生信所的中國人，回了一句，“只要能動的東西，我就能建?！?/p>
在佐治亞大學(xué)的日子里，他們從此相識，成為了長期合作者，也在多年后一同來到中國講學(xué)。
Bernd Schuttler教授
徐鷹愛social的個性也曾鬧出過笑話。
初到佐治亞的那年，徐鷹走進了化學(xué)系主任Bob的辦公室，很隨便地問：“Bob，你這小黑板上的分子式是什么？”
Bob以一種“見鬼了”的眼光看著徐鷹：你不是做蛋白結(jié)構(gòu)計算的嗎？這是20個氨基酸呀。
好在那時還年輕、反應(yīng)快，徐鷹趕緊找補，“哦，對做數(shù)學(xué)的人來講，每個氨基酸就是一個特定的幾何結(jié)構(gòu)，而不必關(guān)心其化學(xué)結(jié)構(gòu)。”
徐鷹自認(rèn)為自己的學(xué)問很少，對生物信息學(xué)的研究有一個漫長的“學(xué)徒”過程。
“我從來沒有系統(tǒng)地學(xué)習(xí)過生物學(xué)方面的東西，所以都是需要什么，就去學(xué)什么?！?/p>
在橡樹嶺時，徐鷹也從同事那里“偷學(xué)”了不少東西。
徐鷹提到，當(dāng)時橡樹嶺中有一位人稱“行走的微生物百科全書”的同事，名叫Loren Hauser。
徐鷹對微生物特別感興趣，總是中午拉著他一起在會議室吃飯，每天吃飯前都準(zhǔn)備幾個問題，一邊吃飯一邊閑聊?；揪涂磕撬?、五年時間，徐鷹就把微生物基因組進化理論“偷”來了。
Loren Hauser
徐鷹講起這段故事來眉色飛舞，“他并不知道我有意識地在學(xué)習(xí)這個東西。所以你看，偷藝，也是一種學(xué)習(xí)方法。”
而憑借這股伶俐，徐鷹還順利把一位同事“拐”進了佐治亞大學(xué)。
這位同事就是Victor Olman博士，兩人從1995年就在一起工作，直到2013年Victor退休，共事了18年。
徐鷹稱，Victor是標(biāo)準(zhǔn)的俄國數(shù)學(xué)家，師從蘇聯(lián)科學(xué)院院士，堅信要從統(tǒng)計學(xué)的角度看生物問題。
Victor有一個“交友標(biāo)準(zhǔn)”，每見到一個新同事就出一個數(shù)學(xué)問題，“如果沒解答出來，那么以后他就對你的就興趣不大了?！?/p>
意料之中，徐鷹通過了他的考試，并在2003年一起去了佐治亞大學(xué)。
在多年的交往中，Victor一直告訴徐鷹要“be accurate”(要準(zhǔn)確)。
徐鷹也一直保持著這點科研要求，不斷告誡自己和學(xué)生，要把生物學(xué)中很粗糙的東西，打磨成最底層的、最準(zhǔn)確的東西。
Victor Olman
徐鷹回憶，到了佐治亞大學(xué)，自己的學(xué)科背景，從求學(xué)時的數(shù)學(xué)和計算，橡樹嶺期間的進化理論、基因組學(xué)，進一步豐富到生物代謝、系統(tǒng)生物學(xué)以及計算化學(xué)等學(xué)科。
至2011年徐鷹卸任時，該研究所的博士點穩(wěn)定在50多名博士生的水平，生物信息學(xué)學(xué)科當(dāng)年進入全美前25名。
徐鷹卸任那年，生化系主任David對徐鷹說，“在你來之前，從未有物理系、數(shù)學(xué)系的人與生化系的人合作?，F(xiàn)在這些系及統(tǒng)計系、計算機系的人，因為生物信息研究所的建立，已有了多項與生化系的老師的合作?！?/p>
現(xiàn)在來看，徐鷹連續(xù)八年擔(dān)任生物信息研究所的首任所長，靠的不只是善于鉆研的勁頭。他真正稀缺性的，是他不需要顧慮什么。
他沒有想過要建立自己的帝國，也從未建立自己的安全地帶，而是不斷思考通過研究所來促進生命科學(xué)與數(shù)理科學(xué)、化學(xué)及工程的互動，推動生物信息這一新型的交叉科學(xué)在校園中迅速成長。
徐鷹的輕松，也來源于此。
在擔(dān)任所長的這段時間，由于長期建立起來的合作關(guān)系，徐鷹繼續(xù)參與并推動在橡樹嶺的系統(tǒng)生物學(xué)工作，每年大概跑三四次，組織、指導(dǎo)項目推進。
其中微生物碳循環(huán)的項目，就是在2003年后正式著手。
簡單來說，就是通過植物或海藻的光合作用，將空氣中的CO2以纖維素或其它的碳鏈的形式高效地回收到地上，以減小空氣中的溫室效應(yīng)。
此前從Loren Hauser那里“偷學(xué)”來的微生物系統(tǒng)生物學(xué)的知識，被全部派上了用場。
他使用讀博士時學(xué)到的組合數(shù)學(xué)及算法，來給海藻的代謝網(wǎng)絡(luò)建立數(shù)學(xué)模型，分析預(yù)測應(yīng)如何通過基因工程來改變海藻的基因組，以提高其固碳的效率。
徐鷹在這個項目上一直做到2008年。
接下來的五年，他繼續(xù)與橡樹嶺的同事們合作，研究碳循環(huán)的另一面：如何將通過光合作用存儲在植物中的纖維素高效地轉(zhuǎn)化為能量。
這一工作的目的是對能實現(xiàn)這一轉(zhuǎn)化的微生物做基因生工程，大幅度地提高它們能量轉(zhuǎn)化的效率。而指導(dǎo)這類基因工程的信息來自對這些微生物的代謝系統(tǒng)做數(shù)學(xué)建模、分析。
10年間，他與合作者在這一領(lǐng)域發(fā)表了100余篇學(xué)術(shù)文章、兩部專著。
現(xiàn)在來看，微生物碳循環(huán)的研究意義十分重要，尤其是2020年9月中國明確提出雙碳目標(biāo)后，能源與環(huán)境問題，已經(jīng)成為一大全球性問題。
這十年的社會議題研究，顯然也讓徐鷹習(xí)慣了用計算方法去解決實際的生物學(xué)問題。
2012年后，由于ImageNet的出現(xiàn)，生物信息學(xué)領(lǐng)域迎來了深度學(xué)習(xí)時代，開始迭代出更好用的計算工具，但那時候徐鷹的興趣，早已轉(zhuǎn)向了更底層的生物問題。
這一轉(zhuǎn)變過程，也早在徐鷹加入佐治亞大學(xué)時埋下了注腳——腫瘤生物學(xué)。
此時的徐鷹到了知天命的年齡。在中國的“知天命”思想中，這一解釋是人不再是聽天由命，而是謀事在人。
攻克癌癥腫瘤，這一傳統(tǒng)認(rèn)知上“無藥可治”的疾病，就是徐鷹給自己提出的新命題。
他卸任所長，又全身心撲到了學(xué)術(shù)上。
但那一刻，徐鷹覺得自己被各種質(zhì)疑聲音“打敗”了。
過去50年，學(xué)界對腫瘤的基本觀點是：基因突變是腫瘤發(fā)病的根本原因。
但這一框架并未給腫瘤的治療帶來突破性的進展，比如目前每10萬人的腫瘤死亡率與50年前相比僅有略高于10% 的進步。
同時，這一框架還不能解釋一些很基本的腫瘤學(xué)問題。
比如，為什么有些器官很容易患癌，而相鄰的器官則極少患癌，如大腸與小腸？
為什么有些人的腫瘤有抗藥性，而其他體質(zhì)、年齡、性別同樣的患者的腫瘤則沒有抗藥性？
為什么有些患者的腫瘤很快就轉(zhuǎn)移，而其他有同樣腫瘤的患者健康地活了幾十年？
徐鷹的目標(biāo)，就是依據(jù)腫瘤大數(shù)據(jù)，研發(fā)一個新的腫瘤演化理論。
他本以為研發(fā)新的腫瘤理論，可能會有5年的低產(chǎn)或無產(chǎn)期，但逐漸發(fā)現(xiàn)，自己過于樂觀了。
一方面，新理論的研發(fā)，需要全面擴充他的知識。除了他已很熟悉的分子及細(xì)胞生物學(xué)，遺傳學(xué)、進化生物學(xué)、及生物化學(xué)，他還需要系統(tǒng)地了解免疫學(xué)、神經(jīng)學(xué)、組織修復(fù)理論、及發(fā)育學(xué)等知識。
另一方面，但更難的問題是，他需要不斷回答來自各個方面的質(zhì)疑及打擊，包括科學(xué)雜志的審稿人、編輯、基金會的評審人及官員，特別是一生從事腫瘤突變研究的學(xué)者。
終于，經(jīng)過了此后十年的不懈努力，徐鷹及團隊逐漸建立一個全新的癌癥發(fā)生、發(fā)展及轉(zhuǎn)移的演化理論。
其核心思想是長期慢性發(fā)炎及局部的鐵積累，將導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)持續(xù)的酸堿不平衡、這將進一步地導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)的代謝方式發(fā)生根本的改變，稱之為代謝重編程。這其中的有些改變，將推動細(xì)胞的持續(xù)增殖、分裂，另一些改變將推動細(xì)胞的轉(zhuǎn)移等。
徐鷹說，“過去十年的路走得非常艱苦，說什么難聽話都聽到了。”
他至今都記得一個場景。
2018年，自己的4個博士生同時從實驗室辭職?！八麄冇X得這個東西做起來很難，而且文獻(xiàn)上的觀點和徐老師的觀點經(jīng)常都是反過來的?！?/p>
當(dāng)徐鷹試圖從一個全新的角度來考慮腫瘤演化，不僅受到了很多學(xué)者的懷疑，也受到了整個社會的質(zhì)疑。如果出現(xiàn)新的腫瘤演化理論，那么以往的教科書上關(guān)于腫瘤觀點、邏輯分析、甚至一些經(jīng)典的工作，可能都是錯的。
這自然導(dǎo)致徐鷹的科研經(jīng)費下降。他的研究團隊也從2012年的三十多個人，逐漸流失到現(xiàn)在的七、八個人。
他的父親徐如人，做了一輩子化學(xué)研究，也對徐鷹說，“你研究腫瘤，不把相應(yīng)的化學(xué)反應(yīng)式都寫出來，我也不相信你?！?/p>
這是徐鷹，以及生物信息學(xué)領(lǐng)域都要面對的現(xiàn)實。
而他的選擇是，走到生物學(xué)的中心，站在里面做研究。
從事腫瘤生物學(xué)研究前，他一直被視為計算機圈子的人，擅長研發(fā)更多更好用的計算工具。
此后，徐鷹幾乎所有的研究課題都圍繞生物學(xué)中最底層的問題，要比傳統(tǒng)的生物學(xué)者更能觸及到化學(xué)及物理水平的研究。
在生物信息學(xué)的圈子，他是一個極其標(biāo)志性的存在。也幾乎只有他一個人，轉(zhuǎn)型得如此徹底。
徐鷹自稱，“在生物信息學(xué)里，自己現(xiàn)在的工作，90%歸屬于生物學(xué)，只有剩下的10%才是計算的范疇。”
好在最近幾年，徐鷹團隊真正有了突破性的進展。他的團隊完成了一系列的腫瘤驅(qū)動力及機理的文章，并在主流雜志上發(fā)表出來。
此外，徐鷹的最新成果已發(fā)表論文，是他和吉林大學(xué)、以及中日聯(lián)誼醫(yī)院腫瘤系統(tǒng)生物學(xué)中心的共同研究，《Cancer is a survival process under persistent microenvironmental and cellular stresses》。
該模型系統(tǒng)地描述了原發(fā)性腫瘤發(fā)生、發(fā)展及轉(zhuǎn)移的推動力及主要機理，建立了一個癌癥發(fā)生、發(fā)展模型。
與傳統(tǒng)觀念的最主要差別是，腫瘤細(xì)胞所做的事兒，都是為了它們自身的生存，是不得不的行為，而基因突變是幫助他們生存的手段，而并非如傳統(tǒng)學(xué)說所認(rèn)為的，是腫瘤發(fā)生的原因。
目前，這一癌癥發(fā)展模型已在小鼠肝癌上得到驗證。
癌癥發(fā)展框架
在回國的路上，徐鷹和父親聊天，他的癌癥發(fā)展機理也終于獲得了父親的認(rèn)可。
徐鷹說，“在情感上，我們是父子，在做研究上，我們則是兩個獨立的靈魂?！?/p>
這位父親是中國科學(xué)院院士，并將三名學(xué)生也培養(yǎng)為院士。父親的這次表態(tài)，很大程度上也代表了其他學(xué)科對他的認(rèn)可。
1993年，與橡樹林工作同步進行的，是徐鷹與國內(nèi)高校進行交流的愿望。
作為土生土長的東北人，徐鷹非常希望向國內(nèi)高校、尤其是東北地區(qū)的高校介紹國外相關(guān)學(xué)科的進展。
他回到吉林大學(xué)的計算機系，和當(dāng)時的系主任自薦做場報告，講講生物信息學(xué)。溝通了多次，系主任才松口：“好，你做吧?！?/p>
“他也沒認(rèn)真，但我真做了?！?/p>
結(jié)果到了做報告的日子，只有徐鷹一個人去了，碰了一鼻子灰。
因為沒有人重視這次報告，自然就沒有人當(dāng)報告的主持人。更棘手的問題是，到了做報告的教室，徐鷹才發(fā)現(xiàn)門都沒開。
正好徐鷹的大學(xué)同學(xué)周春光畢業(yè)后留校，做了計算機系的副系主任，趕來做主持人救場。
徐鷹這樣回憶那段時光：如果當(dāng)時自己沒有決定繼續(xù)做下去，也就沒有了此后在國內(nèi)所做的各種交流會。
徐鷹從來沒有埋怨過這一點，他的抗打擊性比較強。
看到當(dāng)時計算機系對自己的興趣不是很大，他又參與到化學(xué)系里。就這樣，徐鷹一邊在化學(xué)系里合作一些項目，一邊在計算機系里做些報告，同時幫他們帶帶研究生。
時間就這樣一年一年過著，徐鷹依舊每年暑期回到國內(nèi)。
再往后，當(dāng)徐鷹在橡樹嶺與生物信息學(xué)結(jié)緣，并佐治亞建立起一個研究所，以及在腫瘤研究上開疆破土?xí)r，大洋彼岸的中國生物信息學(xué)，卻發(fā)生了一場變故。
談起那段歷史，現(xiàn)如今很多吉大人最感同身受。
85年，管紀(jì)文因為一些不順心的事情，負(fù)氣出走，去了英國的大學(xué)。93年，吉大計算機系和數(shù)學(xué)系創(chuàng)始人，王湘浩病逝。95年剛剛評上院士的劉敘華教授，在講壇突發(fā)腦溢血，巨星隕落……
從此，吉大計算機系慢慢地下滑，少了王湘浩這個主心骨，人才一個個流失。
老一輩學(xué)者，鞠九濱、金成值、周長林、劉大有、孫吉貴、周春光，也終歸是要退休。
在2000年來臨之際，吉大給自己留下了一個問題：再過十年，吉大計算機系會何去何從？
徐鷹的父親此時已經(jīng)在吉大生活了48年，這時候，他在吉大講學(xué)和辦公時，經(jīng)常會在暑假帶著兒子徐鷹同行。所見皆父親輩的人，徐鷹沒多說什么，只是照例每年夏天飛回來，繼續(xù)在吉大做一些項目和講學(xué)。
那時候，徐鷹40歲，正值壯年。
2001年，經(jīng)院系調(diào)整，吉林大學(xué)的計算機科學(xué)系與另三個單位，合并為吉林大學(xué)計算機科學(xué)與技術(shù)學(xué)院。此前大學(xué)同學(xué)周春光也做了副院長，幫徐鷹申請到了長江學(xué)者，徐鷹多多少少有了一個名頭。
來和徐鷹走動的人更多。徐鷹也能和更多的單位做合作，為吉大補充一些國內(nèi)院校的交流。這時候就有北京大學(xué)生物信息中心，天津大學(xué)生物信息中心等。
而徐鷹真正對國內(nèi)的生物信息學(xué)推波助瀾，2002年無疑是最濃墨重彩的一年。
從1993年到2002年，這十年里，徐鷹在橡樹嶺的基因研究，以及在國內(nèi)的學(xué)科建設(shè)，讓徐鷹對研究有了一層新的思考：要將研究延續(xù)到學(xué)校中，以每代人最飽滿的狀態(tài)做學(xué)術(shù)。
這時候的徐鷹在思考兩個問題，自己要去哪所學(xué)校任職，國內(nèi)的生物信息學(xué)科如何發(fā)展。
就在這時，國內(nèi)好友傳來了一個消息。
2002年，中科院數(shù)學(xué)所的陸汝鈐院士聯(lián)系到徐鷹，說現(xiàn)在有十萬塊錢，能不能用這筆錢幫我們請一些國外的生物信息學(xué)者來國內(nèi)講學(xué)。
陸汝鈐院士
徐鷹索性就從國內(nèi)和國外各請了十個人，有國內(nèi)的陳潤生院士、張春霆院士、郝柏林院士、清華大學(xué)的孫之榮教授、中國第一個長江學(xué)者，當(dāng)時北京大學(xué)力學(xué)中心的佘振蘇，以及當(dāng)時加州大學(xué)河畔分校的姜濤、哈佛大學(xué)的劉小樂，伊利諾伊大學(xué)大學(xué)的梁杰，等等。
陳潤生、張春霆、郝柏林、孫之榮、佘振蘇
第一屆會議定在了2003年年底，因為非典推后了幾個月。正好當(dāng)時陸汝鈐院士在復(fù)旦大學(xué)兼職，首屆會議也就定在了上海。當(dāng)時參會的主要都來自上海附近的學(xué)者，大概有90個人。
這次會議下來，大家都有點意猶未盡。孫之榮教授見狀提議，“就把它辦成一個系列會議吧，第二年由清華主辦?！?/p>
系列會議的名字也當(dāng)即確定下來，——“國際生物信息學(xué)研討會，英文為IBW（International Bioinformatics Workshop）。
佘振蘇、徐鷹（中）、孫之榮討論下一屆會議
到了第三屆IBW，徐鷹決定成立一個常務(wù)委員會，由他、北大的魏麗萍、哈佛的劉小樂，上海的李亦學(xué)四人組成，徐鷹任委員會主任。每年的8月初，該會議都會在各個高校輪流主辦。
首屆IBW會議，徐鷹坐在前排中間，帶著墨鏡
當(dāng)時徐鷹還提議，除了老師們互相交流還不行，還要培養(yǎng)學(xué)生。
他和首屆會議的主持人趙偉（澳門大學(xué)第八任校長，現(xiàn)任中國科學(xué)院深圳理工大學(xué)副校長）提議，有沒有可能在每年的會議開始之前，讓這些回國的教授輪流給學(xué)生講個5天。
這一提議也被大家廣泛采納，并確定為“永遠(yuǎn)免費”。
趙偉校長
到了2010年，這個暑假課程開始由中國計算機學(xué)會的“龍星”計劃支持，至今聽課學(xué)員已有一萬名人。今年的網(wǎng)絡(luò)授課中，第一天有8800 多人參加，第二天有11000 多人。
“這在過去是不可想象的，這么專深的領(lǐng)域都有這么多人參加?！毙禚椃Q，學(xué)生對這個課程非常感興趣。線下召開時，報名人數(shù)總是超過授課教室的容納量。
幾年前，會議在西安的第四軍醫(yī)大學(xué)舉辦，主會場坐滿了400個人，一些報名晚了的學(xué)生就主動提議，“我們可以坐在樓道里”。那次會議臨時開了第二個會場，在樓上的一個階梯教室里，又坐了200多號人。
一直到2013年，徐鷹連續(xù)主持了前11屆會議，年年給學(xué)生講課。
IBW會議也吸引到了更多的生物信息學(xué)專家，以及類似Genome Biology 、Genomics、Proteomics and Bioinformatics等全球優(yōu)秀的生物信息學(xué)期刊編輯。
徐鷹回憶，到了2011年，IBW會議已經(jīng)發(fā)展得非常成熟，他就和吉林大學(xué)的梁艷春教授創(chuàng)辦了另一個會議—— 腫瘤系統(tǒng)生物學(xué)國際研討會（ICSB，The International Workshop on Cancer Systems Biology）。
梁艷春教授
徐鷹剛剛卸任佐治亞大學(xué)的生物信息研究所所長，一心一意撲到了腫瘤生物學(xué)研究上，在國內(nèi)的推動工作也有了更多精力。
會議依舊早年的IBW會議的形式。
每年的7月底，在ICSB會議召開前，徐鷹他們都會邀請10名國內(nèi)及10名海外相關(guān)領(lǐng)域的華人學(xué)者和醫(yī)生。
吉大也在多年的交流中，建立起與國內(nèi)高校的長期學(xué)科合作，培養(yǎng)起一批新的人才團隊。
目前，吉大生物信息學(xué)的學(xué)者中，大都是徐鷹過去在吉大帶過的學(xué)生，其中不少人都曾經(jīng)到過他在美國實驗室，接受過一段時間的訓(xùn)練。
陸汝鈐院士、郝柏林院士、北京301醫(yī)院的顧瑛院士，都對徐鷹的組織領(lǐng)導(dǎo)能力和培養(yǎng)人才的熱情大加贊賞。
天津大學(xué)生物信息中心的張春霆院士，早在90年代與徐鷹合作過。他這樣評價徐鷹的工作，“中國三、四十歲的青年學(xué)者，基本上都從這個會里走出來過。作為IBW、ICSB，以及龍星計劃的主要發(fā)起人，這些系列會議對于促進我國生物信息學(xué)的發(fā)展，特別是對培養(yǎng)年輕一代生物信息學(xué)工作者起到了重要的、不可替代的作用。”
所有的誤解、遺憾與重新崛起，因為徐鷹的不放棄而有了最好的結(jié)局。
現(xiàn)在，徐鷹還要每周工作70個小時，與一個年輕人的工作強度相當(dāng)。
一年半前，他已經(jīng)開始了在老年癡呆方面的研究。
他認(rèn)為，在疾病的研究上，老年癡呆將是人類最后一個要攻克的疾病?！耙坏┕タ肆诉@個疾病，那么人體內(nèi)部的奧秘，我們就都掌握了?！?/p>
邁入六十歲，徐鷹已經(jīng)歷了一個甲子。
他說，“我這一輩子一開始做基因預(yù)測，后來做蛋白結(jié)構(gòu)的計算、微生物、腫瘤，我相信一生里最后的科學(xué)研究，就會落在老年癡呆上?！?/p>
說完這句話，徐鷹爽快地吃了一個果脯，吐出一個果核兒。
他對我們說，“你們要做（回看生物信息學(xué)激蕩三十年）的文章。我從1993年做起，生物信息學(xué)的30年，我才參與了29年?！?/p>
這么多年，徐鷹變換了多個研究項目，去年還開了一門生物化學(xué)課程，是為全校打算考醫(yī)學(xué)院，獸醫(yī)學(xué)院、藥學(xué)院等專業(yè)的本科生提供的服務(wù)型課程。
作為一位從未修過“生物化學(xué)”，“有機化學(xué)”，甚至“大學(xué)基本化學(xué)”的人來說，有些難度，但也樂在其中。
“和這些最年輕的學(xué)生相處，亂哄哄的，氣氛要比和一群同齡人坐在一起好得多?！?/p>
徐鷹的世界里，沒有那么多條條框框，如果有，只有一個：不能停在過去，要始終站在舞臺中央。
徐鷹喜歡徒步，記錄餐食，發(fā)朋友圈，空閑的時間還愛吃點兒小零食。
他聽別人講話時，上身保持不動，只將視線抬高，穿過咖色鏡片的上方看向你。這樣能節(jié)省好多時間，既能禮貌聽別人講話，也能迅速收回視線繼續(xù)工作。
只有他講得興奮時，整個人才會頻繁用胳膊、手指、下巴示意，配合自己說的話。這是一項他多年總結(jié)出來的“案頭體操運動”。
還有，在國外生活了37年，他的東北味兒，一點沒變。
作者注：1993年，中國參與人類基因組計劃，生物信息學(xué)科迎來大爆發(fā)。
在近三十年的時間里，一大批生物、化學(xué)、物理、計算等專業(yè)的學(xué)者，前仆后繼加入到學(xué)科的產(chǎn)研建設(shè)，那是一個靈感迸發(fā)、情誼綿長的年代，也是一個走出質(zhì)疑、迷茫的年代。
目前，雷峰網(wǎng)(公眾號：雷峰網(wǎng))啟動《生物信息學(xué)的三十年往事》專題，將陸續(xù)推出徐鷹、潘毅、周耀旗、許東、唐建等新老學(xué)者的人物故事，記錄光輝歲月，以照后人之路。
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